Freitag, 9. März 2007
Trash becomes Treasure
Wie die sogenannte Junk DNS mehr und mehr als nützlich und wertvoll herausstellt, zeigt folgender Artikel:

https://www.sciencentral.com/articles/view.php3?type=article&article_id=218392305

Somit findet eine klare und seit langem begründete Voraussage des ID Konzeptes immer mehr Belege.

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Hast Du den Science-Artikel gelesen?
Der Artikel von ScienceCentral bezieht sich auf folgende Veröffentlichung:
Bejerano et al., Ultraconserved Elements in the Human Genome, Science 28 May 2004:Vol. 304. no. 5675, pp. 1321 - 1325

Ich jedenfalls habe ihn gelesen. Und er bestätigt Deine Behauptung nicht.
Sie haben
"481 segments longer than 200 base pairs (bp) that are absolutely conserved (100% identity with no insertions or deletions) between orthologous regions of the human, rat, and mouse genomes. Nearly all of these segments are also conserved in the chicken and dog genomes, with an average of 95 and 99% identity, respectively. Many are also significantly conserved in fish."

Die längsten gefundenen konservierten Regionen sind kleiner als 800 bp.

Although the minimal region of 100% conservation between human, mouse, and rat that was required to be included in the ultraconserved set was 200 bp, many elements were considerably longer. The longest elements (779, 770, and 731 bp) all lie in the last three introns in the 3' portion of POLA, the DNA polymerase alpha catalytic subunit (EC 2.7.7.7 [EC] ) on chromosome X, along with other shorter ultraconserved elements (Fig. 1).

Selbst wenn ich mit 500 x 800 bp rechne, sind das weniger als 0,02% des menschlichen Genoms (zusätzlich zu den geschätzt 1,2 % proteincodierenden oder rRNA Sequenzen), die möglicherweise funktional sind (da sie einer konservierenden Selektion unterliegen), obwohl noch keine Funktion bekannt ist.

Darüber hinaus stellt sich heraus, dass diese Sequenzen nur teilweise unabhängig von identifizierten Genen bestehen:

Of the 481 ultraconserved elements, 111 overlap the mRNA of a known human protein-coding gene [including the untranslated regions (UTRs)], 256 show no evidence of transcription from any matching expressed sequence tag (EST) or mRNA from any species, and for the remaining 114 the evidence for transcription is inconclusive. We call these partly exonic (or exonic for short), non-exonic, and possibly exonic ultraconserved elements, respectively. A hundred non-exonic elements are located in introns of known genes and the rest are intergenic. The non-exonic elements, both intronic and intergenic, tend to congregate in clusters near transcription factors and developmental genes, whereas the exonic and possibly exonic elements are more randomly distributed along the chromosomes (Fig. 1).

Sowohl alternative Splice-Sites, als auch z. B. Enhancer-Elemente sind möglicherweise unter diesen konservierten Regionen zu finden (in den Gen-überlappenden oder Gen-nahen Regionen).

z. B.:
The ultraconserved elements associated with alternative splicing events often contain small coding exons that are skipped in the mRNA in some tissues, but the elements extend well into the flanking intronic regions on one or both sides of the exon. Such is the case for one explicitly studied ultraconserved element (uc.33) in PTBP2, a polypyrimidine tract–binding protein (23).

Darüber hinaus zeigt der Artikel, dass diese Regionen weit über Art-Grenzen hinaus konserviert sind .

In sharp contrast to rRNA and most human coding regions, there were only 24 out of 481 cases (5%) where an ortholog of an ultraconserved element could be partially traced back by sequence similarity search as far as Ciona intestinalis, Drosoplila melanogaster, or Caenorhabditis elegans (table S7). All of these were among the 68 elements (14%) that overlapped coding exons from known genes. In 17 of these 24 "ancient" cases, there is clear mRNA or EST evidence that the coding region overlapped by the element is alternatively spliced in humans. These include alternatively spliced exons of genes EIF2C1, BCL11A, EVI1, ZFR, CLK4, HNRPH1, and DDX5, as well as GRIA3. In none of the other cases could we find evidence that any element that was intronic in humans was coding in another species, although in some cases there was EST evidence for a retained intron that presumably has a function other than protein coding. Moreover, indels of noncoding ultraconserved elements relative to their alignments with the chicken and other species are often not in multiples of three, giving further evidence that these sequences are noncoding (fig. S1, A and B).

Auffällig ist, dass die überwältigende Mehrzahl der gefundenen konservierten Elemente (aus den nicht Protein-codierenden Bereichen) nur bei Chrodaten gefunden wird, nicht etwa bei Insekten oder dem "Urchrodaten" C. elegans. Dies lässt auf eine Entstehung dieser durch Selektion konservierten Bereiche nach der Abtrennung der Chordaten schließen, unabhängig von der tatsächlichen Funktion dieser Bereiche (welche auch immer das sein mögen).

Im Rahmen der Evolutionstheorie lässt sich das übrigens wunderbar erklären.

Was ich hingegen nicht verstehe, ist, dass das mal wieder keine IDler waren, die diesen Artikel veröffentlicht haben. Insgesamt habe ich den Eindruck, dass in den letzten 20 Jahren doch irgendwas an Forschung stattgefunden haben könnte? Warum ist davon noch nichts veröffentlicht? Da Du diesen Artikel als die ID-"Lehre" befürwortend hältst: Dieser Artikel wurde in Science veröffentlicht. Könnten ID-"Forscher" doch auch tun? Wenn ID vorhersagt, dass Junk-DNA immer eine Funktion hat, warum suchen dann nicht IDler nach verborgenen Funktionen? Könnten z. B. auch damit anfangen, dass sie die von ihnen vorgeschlagenen IC-System darauf untersuchen, ob sie wirklich IC sind, indem sie Knock-out-Mäuse herstellen, in denen jeweils eines der einen Bestandteil codierenden Gene fehlt. Habe aber (obwohl das in 20 Jahren doch wohl einfach möglich gewesen sein müsste) noch nicht einen einzigen Artikel darüber gelesen, dass IDler wenigsten für ein einziges IC-System nachgewiesen haben, dass es tatsächlich IC ist. Dabei würde das alleine noch nicht mal etwas heißen, würde "nur" eine der Grundlagen der ganzen ID-"Lehre" etwas stützen. Und zeigen, dass IDler willens sind, tatsächlich so etwas wie Forschung durch zu führen, was ja doch irgendwie ein zentraler Bestandteil von Wissenschaft ist.

All das scheint mir aber nicht statt zu finden.

Warum nicht?

MfG,
JLT

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Hochkonservierte Bereiche widersprechen Zufallsmutationen über lange Zeiträume
Doch, der Artikel belegt schon meine Aussage, wenn auch indirekt, schließlich wurde er ja im ET-Kontext verfasst.

Die wichtige Message hier ist, dass man wieder mal da wo vorschnell Funktionslosigkeit prognostiziert wurde, eben wohl doch eine Funktion gegeben ist.

Im ET-Rahmen unverstandenes wird eben sehr schnell als Müll deklariert und das ist geradezu forschungsfeindlich.

Der ID Ansatz ist gerade hier eine Gewähr dafür, dass man eben nach Funktionen in scheinbar funktionslosen Bereichen sucht, wenn natürlich auch die Forschungsmittel sehr begrenzt sind, da man eben nicht durch Steuergelder und einer naturalistischen Lobby unterstützt wird. Das ist der Grund, warum auch Artikel, die in ihrer Zusammenfassung ID belegen, von vornherein als unwissernschaftlich abgewiesen werden. Da, wo es eine einzige Ausnahme gab, wurde der nicht-ID-Redakteur, der das zuließ, sofort aus seinem Labor und Büro entfernt und mit der Entlassung gedroht (siehe: https://evolution-schoepfung.blogspot.com/2007/03/id-und-peer-review-teil-1.html).

Zurück zum Thema:
Artübergreifende hochkonservierte - bei angenommenen langen Zeiträumen einer möglichen Entwicklung - Genbereiche, die bislang im ET Rahmen als junk angesehen wurden, sprechen eben klar gegen eine ET aller (Neo)-Darwinismus. Sie zeigen einmal mehr, dass Ähnlichkeiten - sei es auf molekularer oder morphologischer Ebene - nicht als Indiz für gemeinsame Abstammung herhalten können. Wohl aber kann man hier modulares Design, ein Baukastenprinzip, plausibel erklären.

Als Softwareentwickler muss ich mich schon wundern, wie man so hochkomplexe Strukturen wie die DNA als Zufallsprodukte ansehen kann. Solche Programme entwickeln sich nicht von selbst, das weiß ich aus langjähriger Erfahrung. Auch ist mir bekannt, dass zum Beispiel Kommentarzeilen in einem Quellcode für sich genommen funktionslos im laufenden Betrieb sein kann, wohl aber sehr sinnvoll sind, wenn zum Beispiel ein anderes Programm über den Quellcode läuft und aus ihm eine Spezifikationsdokument erstellt. Das Dokument ist für sich nun auch wieder Funktionslos, aber dennoch designte Information...

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Scientist junk is creationist treasure
Hier ein interessanter Artikel zum Thema:

https://www.wired.com/science/discoveries/news/2007/06/junk_dna

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Und weils so schön ist...
...noch ein Link:

https://www.scinexx.de/index.php?cmd=wissen_details&id=6662&datum=2007-06-15

und noch einer:

https://www.dradio.de/dlf/sendungen/forschak/635967/

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